劇症肝炎・肝硬変にともなう肝性昏睡の病態把握に必須の検査。

アンモニアは主として腸管内で、食事蛋白などから生成される分解産物で毒性をもつ。このため主として肝において尿素サイクルにより毒性の低い尿素に変換され、腎から排泄される。

肝障害や門脈シャントなどによりアンモニア血中濃度の上昇をみるが、実際は肝機能がかなり低下しても予備能力により解毒作用は保たれている。したがって高アンモニア血症は劇症肝炎などの非常に高度の肝機能の低下があるか、または肝硬変等によりアンモニアを多く含む門脈血が肝を通らずに直接体循環に流入する門脈-体循環シャントが存在している場合などでおこる。 　また血中アンモニアの上昇と脳症の発症には時間差があり、脳症の発症の方が遅れる場合がある。

筋肉運動や食事摂取により上昇し、また全血のまま放置すると、赤血球からの遊離により高値になることがあるので注意を要する。