甲状腺機能低下症の際に一番早く動きが認められるのは甲状腺から分泌されるT4と下垂体からのTSHであり、甲状腺の機能が低下した時、T4の低下とTSHの上昇が診られる。

臨床所見では緩慢や色素沈着、高脂血症などが認められ、体内観察の一手段として検査値測定が行われる。ラボ内にて実際に測定し検査結果を観察していると甲状腺原発のみならず二次性での機能低下併発が3割程度認められ、二次性原因の中でクッシング症が最も多い。クッシング症が起こると血中コルチゾール濃度の上昇が起こり、ACTHの分泌抑制と共にTSHの分泌抑制が起こり二次性の甲状腺機能低下症を引き起こす。そのため、現在に起きている臨床症状が何由来であるのかの特定には甲状腺機能と副腎機能の観察はとても重要である。この観察の際に注意しなければならないのがコルチゾール値の測定となるのだが、コルチゾール単発での検査のみでは正常値を示す事が多々あるためACTH負荷試験が必要不可欠とされる。また、FT4の測定は病期を把握する事に有効である。